作为与深圳经济特区共生共长的医院,市二医院医疗实力雄厚,专科设置齐全,设置分院1个(深圳市中西医结合医院),设有66个临床及医技辅助科室,共获批国家、省、市临床重点专科23个,其中国家临床重点专科2个(骨科、神经外科)、广东省高水平临床重点专科6个(骨科、神经外科、耳鼻咽喉科、烧伤科、重症365游戏大厅、口腔科)、广东省中医重点专科1个(中西医结合肿瘤科)、深圳市临床重点专科(专病)11个(脊柱外科、运动365游戏大厅、周围神经手足外科、泌尿外科、血液内科、康复医学科、肾内科、介入科、临床护理、临床药学、脑卒中)、深圳市中医特色专科3个(老年病科、针灸推拿科、肿瘤科)。
医院高度重视学科建设,不断强化学科建设的龙头地位,科学进行顶层设计,优化学科布局,实施学科建设“2+8+N”发展计划(培育2个重大疾病区域医疗中心、8个国家临床重点专科、N个省级临床重点专科),打造结构合理、优势突出、特色鲜明的高质量高水平学科发展体系。以创新学科管理模式为抓手,坚持分层建设、分级支持、连续考核、动态调整原则,打造结构合理的学科建设体系;以提升临床专科能力为关键,实施高水平学科“揭榜挂帅”及“赛马制”项目,培育优势突出的国家或省级临床重点专科;以学科集群化发展为核心,实施临床重点学科群建设项目,打造特色鲜明的临床重点学科群,力争国家或省级重大疾病区域医疗中心。